Desa Pene merupakan bagian dari wilayah Desa Batu Nampar Sebelum dicanangkannya kebijakan pemekaran Desa oleh Pemerintah kabupaten Lombok Timur dibawah pimpinan Bapak Sukiman Azmi dan H. Muhammad Syamsul Lutfi pada akhir tahun 2009. Desa Pene merupakan salah satu desa dari 3 ( Tiga ) Desa Pemekaran yang sudah didefinitifkan melalui Perda Nomor : 7 Tahun 2011 yang ada di Kecamatan Jerowaru. Desa Pene ini merupakan Desa pemekaran dari Desa Batu Nampar dengan luas 350 Ha. Atau 3.500 Km2, yang terdiri dari 4 ( Empat ) Dusun.
Kenapa dulu dinamakan Desa Batu Nampar…….? Itu dikarakan dulu yang menjadi Pejabat Sementara ( PJS ) nya tinggal/berdomisili di Batu Namapar, maka oleh sebab itu nama Desa Batu Nampar diambil dari alamat tempat tinggal/domisili Pejabat Sementara ( PJS ) sebagai bentuk penghormatan masyarakat terhadap Pejabat Sementara ( PJS ), dan pada Tanggal : 11 April 2011 masyarakat Desa Pene membentuk sebuah Desa yang dimekarkan dari Desa Batu Nampar dengan nama Desa Pene, kenapa dinamakan Desa Pene…..? Menurut sejarahnya dulu memang ada nama Desa Pene Lando pada zaman Kerajaan Islam yang dipimpin oleh, “RADEN SURYE JAYE SUMPENUH” dan setelah 500 tahun runtuhnya Kerajaan Pene maka Desa Pene Lando tersebut bukan lagi dinamakan Desa tetapi oleh masyarakat setempat menjadikannya sebagai symbol adat, yang dimana masyarakat tetap berpegang pada adat dan silsilah adat Pene Lando.
Pada sa’at masyarakat mengusulkan untuk pemekaran Desa para Tetua/Tokoh bermusyawarah untuk menentukan nama Desa, dan pada sa’at musyawarah tersebut muncullah beberapa nama yang di usulkan diantaranya :
- DESA PENEMBEK
- DESA PENENTU
- DESA PENE LANDO
- DESA SAGIK MATENG
- DESA PENE
Dari nama yang diusulkan Desa Pene lah yang disepakati sebagai nama Desa Pene sa’at ini dikarnakan nama Desa Pene ini sudah mencakup semua nama-nama Desa yang diusulkan, dengan Pejabat Sementara ( PJS ) Kepala Desa Pene yaitu KAMARUDDIN.
Pada Tanggal : 21 Mei 2012 masyarakat Desa Pene melaksanakan pemilihan Kepala Desa pertama kali setelah Desa Pene dinyatakan difinitif dengan Perda Nomor : 7 Tahun 2011, dengan Jumlah Calon 2 (Dua) orang dan dimenangkan oleh Saudara kepala Desa Terpilih “ L.JAYA PUTRA PURNAMA, SP. “ yang beralamat di Dusun Pene Desa Pene Kecamatan Jerowaru Kabupaten Lombok Timur Priode 2012-2018. Dan Setelah Enam Tahun Kemudian diadakan Pemilihan Kepala Desa secara serentak yangi dilakukan Di Kabupaten Lombok Timur pada tanggal 13 Desember. Adapun PILKADES Desa Pene diikuti oleh Empat Calon yaitu AHMAD RIADI, S.Sos, AYUB, S.H, MAHRE, dan L.JAYA PUTRA PURNAMA, S.P sebagai calon incumben (Petahana) dan dimenangkan Oleh Saudara AYUB, S.H yang kemudian dilantik pada tanggal 16 Agustus 2018 dan resmi menjabat sebagai Kepala Desa Pene Periode 2019 - 2024.